Valeu André!
Realmente validei e em nenhum dos campos versão do XML de evento vêm com a versão da nota, ambos vem com a versão do evento (1.00).
Eu dei uma olhada nos proxy's da interface EFB2B* para analisar as diferenças entre o proxy de inbound do namespace 008 para o namespace 006.
Conclui que ambos fazem o mesmo processo, com a única diferença que o namespace *008 trata eventos para CT-e 2.00.
Mantive apenas o serviço do namespace *006, visto que no cliente daqui não estamos utilizando CT-e no GRC, portanto não tenho necessidade de passar a utilizar o proxy novo do namespace *008.
Obrigado!
Matheus Goulart