Christian,
Revisa si las facturas al consultar su mapa de relaciones observas si documento Gasto. Si no lo obwervas entonces la factura no registró ningún documento de origen. Puede ser que el usuario sí usa la opción "Copiar a" desde lo que llamas documento Gasto, pero durante si edición el usuario pudo haber eliminado una de sus filas. Esto provoca que el vínculo entre documentos se elimine, aun y cuando el usuario capture de nuevo la fila con la misma información original.
Si tu eres el administrador de SAP en tu empresa, trata de replicar el problema en conjunto con tus compañeros de facturación y confirmar o descartar eso que te comento.
No es normal que suceda esto, pero si ves que lo puedes replicar el error haciendo el proceso de manera correcta, podría pensarse en un bug que tendrás que reportar a tu partner SAP.
Saludos,
JC.